随着人们经济条件的改善，对生活品质的追求也逐渐变得更高，人们不再仅仅局限于解决基本温饱，而是追求食物的口感和外形。木瓜蛋白酶在嫩肉粉中发挥了很重要的作用。如果不添加嫩肉粉，肉类食物经过加热烹煮以后往往会变得粗糙坚硬，而加入适量的嫩肉粉，则会锁住肉类中的水分，使食品口感松软、嫩滑。

木瓜蛋白酶中的半胱氨酰基蛋白酶能够快速降解肌原纤维和结缔组织，即使在90℃左右的温度下加工，仍然能保持自身的活性，保存了肉类的营养，帮助身体消化和吸收。特别是对于筋腱较多的牛肉而言，浓度适量的含有木瓜蛋白酶的嫩肉粉可以使其口感松软，易于咀嚼，增加牛肉的口感。

而对于鱼肉而言，那些个头小、价值低的小杂鱼往往不太受到欢迎，所以我们可以利用木瓜蛋白酶的水解性质，生产出浓度较高的水解蛋白，将整条小鱼溶解成蛋白质浓缩物，制成方便携带和食用的小鱼罐头或碎鱼肉肠等。除此之外，木瓜蛋白酶还可以延长食品的保质期限，阻止动物肉类、骨头发生腐败、变质，也常常作为屠宰场回收骨头中碎肉成分的重要媒介。