大豆蛋白营养价值较高，其中必需氨基酸含量在植物蛋白中较为合理，并有良好的胶凝、乳化、起泡能力，但大豆蛋白在使用过程中存在着在等电点易沉淀、粘度随浓度增高而迅速升高等不利因素。研究发现，用酶改性来改善大豆蛋白的理化性质效果较好。木瓜蛋白酶适用于大豆蛋白改性，但水解效率较低、易失活，为充分发挥木瓜蛋白酶的水解效率，添加半胱胺酸、亚硫酸钠、异VC钠等添加剂对其起到保护作用。

在传统的豆腐制作工艺中，采用加热法使大豆蛋白质展开。而在酶法凝固工艺中，木瓜蛋白酶在特定水解条件下，其体系中游离氨基和蛋白质表面疏水性发生变化。在豆腐凝胶形成过程中，首先是大豆蛋白质适当展开，使原本处于蛋白质分子内部的-SH、-S-S-和疏水性氨基酸暴露，然后通过蛋白质分子间的相互作用使蛋白质聚集形成凝胶。巫庆华研究表明，木瓜蛋白酶可使大豆蛋白质凝固，酶反应条件为85℃、7.5％蛋白质浓度，用量为510酶活力单位/g蛋白质,胶凝时间为221.1s木瓜蛋白酶在大豆蛋白质分子间的相互疏水方面起着重要的作用。

利用木瓜酶的酶促反应，可把食品中的大分子的营养物质（如蛋白质、脂肪、麦芽糖、纤维素等）水解成小分子物质（如氨基酸或多肽等）。可制成营养蛋白食品、胶水、高级口服液、膨化食品等。由于酶促反应的专一特性，使得应用木瓜酶制剂的食品加工过程中副产品极少，更便于产品的提纯和简化工艺步骤（如回收副产品，制造新的食品，提高提取的速度和产量，改进风味和食品质量等）。此外，还有反映条件温和、催化效率高、安全性高、在生产过程中不产生腐蚀性物质和毒物等特殊的优越性。